Historia de Coco

En el pequeño pueblo de Santa Cecilia, México, vive Miguel Rivera, un niño de 12 años que sueña con ser un músico como su famoso ídolo Ernesto de la Cruz, un popular compositor/cantante y estrella de cine que murió cuando fue aplastado por una campana en una presentación en vivo. 

Sin embargo, la familia de Miguel tiene una larga y estricta restricción hacia la música que se remonta generaciones en el pasado, cuando la tatarabuela de Miguel fue abandonada por un músico que decidió dejar su familia con tal de seguir sus sueños. Debido a esto, la familia de Miguel (los Rivera) odia todo lo relacionado con la música, ​ en especial la abuela, quien lo sobreprotege y cuida de cualquier influencia musical. Como resultado de ello, el único familiar que le agrada a Miguel es su bisabuela "Mamá Coco".

En el día de muertos, luego de romper accidentalmente el retrato de su tatarabuela Mamá Imelda, Miguel descubre que el esposo de esta usaba una guitarra igual a la que usaba su ídolo, lo que lo lleva a sacar la conclusión que él es tataranieto de De la Cruz.

Miguel decide perseguir sus sueños inspirado en frases de las películas de De La Cruz y trata de participar en un concurso de talentos en la feria de Santa Cecilia usando una guitarra que había escondido de su familia, pero es descubierto por su abuela que, enfadada, rompe el instrumento frente a toda la familia, provocando que Miguel, dolido y enfurecido, huya de casa para buscar una forma alternativa de participar clamando que ya no quiere formar parte de su familia.

Miguel busca que alguien le preste una guitarra sin tener éxito, por lo que se escabulle en el mausoleo de De la Cruz para robar la guitarra expuesta en su tumba y usarla en el concurso. 

En el momento que Miguel toca la guitarra de alguna manera es transportado a una dimensión alternativa donde no puede ser visto ni escuchado por los vivos, con excepción de Dante, un perro callejero que lo acompaña. En esta dimensión alternativa, Miguel se encuentra con sus parientes fallecidos, los cuales se sorprenden de que este pueda verlos.

Sus parientes fallecidos concluyen que esto tiene relación con la incapacidad de Mamá Imelda para cruzar el puente desde la tierra de los muertos, una especie de dimensión de vida después de la muerte desde donde todos los fallecidos cruzan para visitar a sus familiares durante la tradición del día de los muertos.​

Miguel es llevado donde Mamá Imelda y descubren que ella no ha podido cruzar debido a que Miguel ha retirado su retrato de la ofrenda de su familia; el oficinista que les explica la situación (dando a entender que la familia estaba bajo un hechizo al haber retirado el retrato de Mama Imelda de la ofrenda) así también le advierte de que el niño debe salir antes del amanecer o de lo contrario se quedará en ese lugar para siempre, mientras comienza poco a poco a transformarse en un esqueleto. Como solución, Miguel puede ser enviado de regreso a su dimensión en Santa Cecilia inmediatamente con la bendición de cualquiera de sus familiares sosteniendo un pétalo de la flor de muertos. Mamá Imelda le da a Miguel su bendición, pero con la condición de que se olvide de la música para siempre.

Desesperado por no querer renunciar a sus sueños, Miguel logra escapar de su familia fallecida y contacta a un fallecido, olvidado y solitario, llamado Héctor, auto identificado como amigo de De La Cruz, quien ansía pasar al mundo de los vivos, pero no puede hacerlo por no estar en ninguna ofrenda. Miguel le indica a Héctor que solo la bendición de su ídolo puede llevarlo de regreso a su mundo por lo que acepta ayudar al niño con la condición de que ponga su retrato en la ofrenda de su familia para que pueda cruzar esa misma noche el puente entre el mundo de los vivos y muertos.

Héctor le consigue una guitarra de uno de sus amigos, Chicharrón, que se desvanece porque ya no tiene parientes vivos que lo recuerden y le pinta la cara a Miguel como un esqueleto para que no llame la atención y pueda participar en un concurso donde el premio es una entrada a la fiesta de Ernesto De La Cruz, en el mundo de los muertos. Mientras tanto, Mamá Imelda y el resto de los parientes comienzan a rastrear a Miguel usando un alebrije (guías espirituales en la tierra de los muertos) domesticado, el alebrije de Mamá Imelda, Pepita llegando al concurso donde un enfadado Héctor descubre que el niño tenía más familiares muertos que podrían bendecirlo para volver pronto a su hogar y ayudarlo a cruzar al mundo de los vivos, en vez de buscar la bendición de alguien tan ocupado como De la Cruz.

Miguel abandona a Héctor regresándole su foto, y se cuela en el palacio De la Cruz, donde se identifica como su tataranieto delante de todos sus invitados. Deleitado, De la Cruz pasa tiempo con Miguel y los dos se divierten, pero antes de que este le dé su bendición son interrumpidos por Héctor, que se cuela en el palacio. Al reunirse con Ernesto, Héctor junta lo poco que recuerda con los paralelismos entre una película protagonizada por Ernesto y descubre junto a Miguel que el cantante envenenó a Héctor (aunque decían que se ahogó comiendo chorizo, para revelar que Ernesto era un mentiroso) para robarle sus canciones e ideas y así volverse famoso. Desenmascarado, Ernesto manda aprisionar a Héctor y a Miguel en un cenote quedándose con la foto de Héctor para que pronto sea olvidado y desaparezca del mundo de los muertos.

Miguel por fin entiende que su familia intentaba protegerlo de su propia ambición, mientras que Héctor le revela que lo único que quería era ir al mundo de los vivos para ver a su hija, llamada Coco. Miguel se da cuenta de que Héctor es su verdadero tatarabuelo, y Miguel le dice que no deben olvidar a Héctor, pero si a De La Cruz. Estando en el cenote son encontrados por el perro Dante y el alebrije de Mamá Imelda, Pepita, siendo rescatado y convenciendo a su familia de que lo ayuden a recuperar el retrato de Héctor, que comienza a desvanecerse porque Coco lo está olvidando.

En el camino al concierto de Ernesto, Miguel descubre que, de no ser por Dante, él no hubiera encontrado a Héctor, revelando su verdadera identidad como un alebrije. La familia consigue exponer a Ernesto como un fraude ante toda su audiencia, luego es abucheado por el asesinato de Héctor y por lo que le hizo ahora a Miguel, lanzándolo desde un lugar más alto (quien es rescatado por los alebrijes) y es aplastado por una campana de la misma forma que murió. Por desgracia, el retrato de Héctor termina por perderse en el fondo de un lago.

Comienza a amanecer e Imelda y Héctor no tienen más opción que enviar a Miguel de vuelta a Santa Cecilia sin condiciones antes de que sea demasiado tarde. Al regresar al mundo de los vivos, Miguel se lleva la guitarra de Ernesto De la Cruz del mausoleo (que en realidad le pertenece a Héctor) y regresa a su hogar, donde intenta que su bisabuela Coco recuerde a su padre sin resultados, ya que Coco no responde a su voz. Desconsolado, Miguel hace un último intento y le canta a su bisabuela la canción «Recuérdame» (una canción que le compuso su padre y se la cantaba cuando era niña); revitalizando a Coco que se acuerda de su padre. Coco comparte sus recuerdos y le da a Miguel el pedazo restante del retrato de sus padres, en el que aparece la cara de Héctor. Las acciones de Miguel lo reconcilian con su familia, que por fin acepta su gusto por la música.

Un año después en día de muertos, Miguel y su abuela (ya reconciliados) ponen la ofrenda de sus familiares, incluyendo el retrato de Mamá Coco, recientemente fallecida. Gracias a las cartas que Héctor le dejó a Coco, los Rivera prueban que Ernesto de la Cruz fue un fraude, mentiroso, farsante, y perverso (además del autor material del asesinato de Héctor), y con todo esto probado en poco tiempo es olvidado tanto en el mundo de los vivos como en el de los muertos.

Mientras los Rivera celebran, son visitados por los reconciliados Imelda y Héctor, por Coco y por el resto de su familia fallecida mientras que Miguel toca una canción para su familia viva y muerta.